La misión de la CEI-CPP se encuentra establecida en el artículo 1º del Decreto Legislativo 958, en virtud del cual se creó “la Comisión Especial de Implementación del Código Procesal Penal como el ente encargado de diseñar, conducir, supervisar y evaluar el proceso de implementación del referido código; siendo uno de los principales encargados de la formulación de la propuesta de implementación del Código Procesal Penal”.

La CEI-CPP y los Equipos Técnicos Instituciones (ETI’s) deben tener pleno control sobre el funcionamiento del nuevo Sistema Procesal Penal, a través de mecanismos de monitoreo y retroalimentación que le permitan controlar el proceso y resolver adecuadamente eventuales problemas.

La CEI-CPP y los ETI’s deben manejar estándares de eficiencia basados en la experiencia, los mismos que deben ser empleados en el dimensionamiento y presupuestación de los requerimientos para la implementación del CPP en los diferentes distritos judiciales.

La CEI-CPP y los ETI’s deben implementar el CPP en los distintos distritos judiciales a partir de un diseño matriz, de fácil adecuación y personalización a las realidades de cada uno, monitoreando y ejerciendo permanente control sobre la implementación.

La CEI-CPP debe regular y reglamentar el funcionamiento del nuevo Sistema Procesal Penal, procurando alcanzar niveles de eficiencia y eficacia que garanticen su aprobación por la comunidad –entendida como los beneficiarios del servicio prestado-, debiendo ser dicha aprobación periódicamente medida.